拍摄高分辨图像的样品要求厚度在10 nm以下，5 nm以下才能获得较好的原子像。
粉末样品，要求样品均匀分散在支持膜上，或者是悬空的(比如使用微栅碳支持膜)，并且干燥，能够区分支持膜正反面。
块体样品，要求样品大小为直径3 mm的圆，厚度为200 nm以下；金属样品建议使用FIB的办法来进行减薄，这样获得快捷方便。可以测试磁性样品，但分辨率会有所下降。
